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克日，華為與北京大門(mén)生物醫學(xué)前沿立異中間(BIOPIC)、北京大學(xué)化學(xué)與份子工程學(xué)院、深圳灣嘗試室高毅勤傳授課題組結合推出卵白質(zhì)多序列比對(ProteinMSA)數據集，期望在尺度化的數據集根底上，支持研討職員開(kāi)辟先輩的AI模子，加深對卵白質(zhì)構造、功用和退化的認知，并停止卵白設想與革新。此數據集將公布于華為云AIGallery平臺，相干代碼及數據集闡明將依托于華為全場(chǎng)景AI計較框架MindSpore停止開(kāi)源開(kāi)放、按期擴大與保護，旨在為全球相干的產(chǎn)、學(xué)、研團隊供給優(yōu)良的數據同享處理計劃。本次開(kāi)源的ProteinMSA數據集完整籠蓋最新版本(2021年2月公布)的UniRef50數據庫中的卵白質(zhì)序列，接納學(xué)術(shù)界的“金尺度”搜刮辦法，對約0.5億條卵白序列停止了充實(shí)的MSA搜刮與比對(MSA均勻深度大于1000)，是今朝天下范疇內范圍最大、參考數據集最新、籠蓋度最廣的開(kāi)源卵白質(zhì)MSA數據集(之前最大的開(kāi)源MSA數據集包羅10萬(wàn)個(gè)卵白MSA)【1】。人類(lèi)已知的卵白質(zhì)序列曾經(jīng)超越4.4億條，但僅憑這些卵白質(zhì)單序列數據庫，很難理解卵白之間的干系。ProteinMSA數據庫是一個(gè)對差別卵白質(zhì)序列之間的干系停止了標識表記標的大范圍“干系型”數據庫，被標識表記標為聯(lián)系關(guān)系的卵白質(zhì)序列之間的類(lèi)似度、退化干系、漸變地點(diǎn)位點(diǎn)的散布等信息對卵白質(zhì)構造和功用的猜測極其主要。為了更好地效勞于跨范疇的研討職員，ProteinMSA數據集將被構造成具有多重形狀的數據格局。原始數據集(近30T)將以UniRef系列數據庫【2】和UniClust數據庫【3】的尺度文本情勢存儲，并根據序列長(cháng)度停止朋分與緊縮。為了便于A(yíng)I范疇的研討職員間接利用，ProteinMSA數據集還會(huì )將文本格局的數據集轉化為浮點(diǎn)數張量范例緊縮存儲，并對已有的AI框架如MindSpore停止數據接口的撐持。高毅勤傳授暗示：“我們鼓舞并等待來(lái)自生物信息學(xué)、數據迷信和AI研討等范疇的專(zhuān)家和人材充實(shí)碰撞與協(xié)作，引入、改良或設想全新的AI模子，來(lái)充實(shí)地發(fā)掘ProteinMSA數據集合所躲藏的‘天然的機密’”。從迷信的角度看，MSA的數目和質(zhì)量很大水平上影響了今朝最先輩構造模子的猜測速率和精度，并且發(fā)生MSA的非參數化算法還是諸多卵白猜測辦法中決議速率的次要步調之一。因而，ProteinMSA數據庫自己能夠作為這些構造猜測模子的預鍛煉質(zhì)料，用來(lái)發(fā)掘序列信息以至疾速天生新的序列特性，這對處理研討、設想卵白質(zhì)中所面對的高變異序列和孤兒序列等成績(jì)具有宏大的潛伏代價(jià)。此次數據庫的公布，依托于華為云AI

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近日，華為與北京大學(xué)生物醫學(xué)前沿創(chuàng )新中心(BIOPIC)、北京大學(xué)化學(xué)與分子工程學(xué)院、深圳灣實(shí)驗室高毅勤教授課題組聯(lián)合推出蛋白質(zhì)多序列比對(Protein，我公司是一家專(zhuān)業(yè)從事醫療管理系統 十余年高科技公司，公司的醫療管理系統 ，目前用戶(hù)遍及全國各地，它價(jià)格低廉，部署簡(jiǎn)單，極易上手，是醫院管理者管理決策的好幫手。如有需要請聯(lián)系我們：